微生物制藥技術是工業微生物技術的最主要組成部分。微生物藥物的利用是從人們熟知的抗生素開始的，近年來，由于基礎生命科學的發展和各種新的生物技術的應用，由微生物產生的除抗感染、抗腫瘤以外的其他生物活性物質的報道日益增多，如特異性的酶抑制劑、免疫調節劑、受體拮抗劑和抗氧化劑等，其活性已超出了抑制某些微生物生命活動的范圍。但這些物質均為微生物次級代謝產物，其在生物合成機制、篩選研究程序及生產工藝等方面都有共同的特點，把微生物產生的這些具有生理活性（或稱藥理活性）的次級代謝產物統稱為微生物藥物。于此微生物藥物應包括：具有抗微生物感染和抗腫瘤的作用的傳統的抗生素以及特異性酶抑制劑、免疫調節劑、受體拮抗劑、抗氧化劑等，而所有微生物的生長都離不開微生物培養基。